A frank egyházban, az első évezred második felében, nagy tisztelete volt a thébai légiónak. Ahhoz képest, hogy a mai történészek szerint ez a légió nem is létezett, főként jelentős volt a tiszteletük. Egészen röviden: a legenda szerint egy római légióról van szó, hatezer, egyiptomi származású katonával (a nevüket az egyiptomi Théba városáról kapták), akik keresztények lettek, és emiatt kivégezték őket, egyeseket közülük Bonnban. A történet a III. század végére datálódik.

Bár a thébai légió, és az évszázadokkal később nevükön is nevezett Cassius és Florentius vértanúk létezése erősen kérdéses, az tény, hogy Bonn központjában találtak a régészek 3 római szarkofágot, a jelzett korból. A hagyomány szerint ez a két említett katona, és egy harmadik, ismeretlen nevű társuk sírja. Később egy kisebb templomot is emeltek a sír fölé.

1050-ben, a műemlékvédelemmel mit sem törődve, ezt a templomot lebontották, és egy, Cassius és Florentinus tiszteletére szentelt háromhajós, román stílusú bazilikát építettek a vértanúk sírja fölé. A keleti (a képen bal) oldalon a szentély az átlagosnál sokkal hosszabb, ez kicsit megváltoztatja az épület arányait a megszokotthoz képest. Ekkor a középső torony még nem állt, és a szentély sarkain lévők sem, csak a Westwerk (a képen jobb oldalon) két tornya.

1153-ban épült meg a szentély kibővítése, és a két díszítő torony a szentély sarkaira.

A XII. század végén és a XIII. század elején a templomot több helyen is átalakították, a rajnai átmeneti stílus ("Rheinischer Übergangsstil", a gótikát már megismerő, de a romanikától elszakadni még nem tudó építészeti stílus) jegyében. A főhajó felső részét újjáépítették, a korábbinál vékonyabb falakkal és nagyobb ablakokkal. Ennek jegyében kívülről támpillérekkel támasztották meg az épületet.

1200 körül épült a négyezet fölé a torony is, eredetileg egyszerű sátortetővel. A mai, magasan csúcsos sisakot 1600 körül kapta. A templom képét ma alapvetően meghatározó torony 81 méter magas. Érdekesség, hogy belülről a négyezet is be van boltozva, azaz a belső térben nem látszik, hogy ott a torony.

Az azóta eltelt mintegy négyszáz évben a templomhoz, a különböző háborúkban szerzett károk kijavításán kívül érdemben nem nyúltak. Az apátság feloszlatása óta plébániatemplomként működik.