770-ben született a mai Seligenstadtban egy Einhard nevű ember. Ő Nagy Károly uralkodása alatt magas rangra tett szert, több kiemelkedő építkezést is vezetett, majd a császár halála után megírta az ő életrajzát. Idősebb korában a szülővárosában telepedett le, ott alapított egy bencés kolostort, és a kolostorban építtetett egy bazilikát. 

A templom eredetileg egy háromhajós bazilika volt, a keleti végén egy kereszthajóval, így tehát T alaprajzzal. A karoling korban a kereszt alaprajz még nem volt jellemző, az majd csak később, az ezredforduló után válik uralkodóvá (ezt látjuk többek közt a nagy császári dómoknál is, pl. Mainzban, vagy a hildesheimi templomnál). A bazilikának eredetileg, ez is illik a korszakhoz, nem voltak tornyai, kétszáz évvel később, 1050 körül kapott a nyugati homlokzat két tornyot. 

Érdekesség, hogy, bár közvetlenül a Majna partján áll, mégis pontosan keleti tájolású, nem a folyóhoz igazodik. 

Az építkezés befejezése után elhelyezték itt Marcellinus és Péter római vértanúk ereklyéit, máig az ő titulusukat viseli a templom. 

A XIII. században az akkori liturgikus szokásokhoz igazodva kibővítették a templomot, építettek egy kései román stílusú szentélyt, így az épület latin kereszt alaprajzúvá vált. Az apszis kimondottan szerény kialakítású, ennyiben elmarad a korabeli komolyabb román stílusú szentélyektől, viszont felmutat már néhány átmeneti jellegzetességet: félkör helyett szögletes, 5/8 alaprajzú, és láthatjuk a külső támpilléreket is. 

Ekkor létesült a négyezeti torony is, ennek felső szintje már egyértelműen gótikus - az egyetlen gótikus elem az épületben. A toronysisak újkori, eredetileg egyszerű teteje volt a toronynak. 

Lumpeseggl, CC BY-SA 3.0, via Wikimedia Commons

A belső térben is a karoling kort, a pre-román építészetet ismerhetjük fel - a berendezés barokk. 

1725-ben ünnepelték a templom fennállásának 900. évfordulóját. Ekkor az apát egy új, barokk nyugati homlokzatot építtetett, és a déli tornyot is barokk formában építtette újra. A XIX. században az apátságot feloszlatták, azóta a bazilika plébániatemplomként működik. 

Az addigra ezer éves bazilika még egész elfogadható állapotban állt, az alig száz éves barokk templomtornyot viszont 1840-ben le kellett bontani, ezután a templomnak csak egy tornya maradt.

1865-ben egy nagystílű felújítás során a barokk homlokzatot eltávolították, és lebontották az egyetlen, még álló tornyot is. Ezután egy teljesen új, neoromán homlokzatot építettek, két, szintén új, neoromán toronnyal. Tehát a fenti képen is látható nyugati látkép teljes egészében a XIX. század végéről való.

Bár a bazilikát hosszú története során többször is átépítették, az épület magja, a háromhajós hosszház és a kereszthajó lényegében máig az ezerkétszáz éves állapotot őrzi. Tizenkét évszázad alatt természetesen végeztek rajta felújításokat, javításokat, ezért nem minden kő a IX. századból származik, de alapvetően egy karoling-kori épületről beszélhetünk.